臭氧灭菌是一个化学过程，它需要一定的反应时间，理论上讲在浓度适当的前提下，延长灭菌时间有助于提高臭氧的灭菌效率；但臭氧灭菌的同时也是和易氧化成分发生氧化反应的过程，臭氧和药粉的接触时间越短，对药粉的化学成分破坏越小，这就对灭菌时间控制提出了较高的要求。只有结合适当的浓度，经过多次的实验才能合理确定灭菌的时间，否则会对药粉的化学成分有较大的破坏，在我们的针对性实验中曾发现臭氧对白术中目标成分熊果酸的破坏率高达68%。
粉末灭菌设备的故障分析
4、较高的纯度
由于臭氧制备技术和气源处理技术原因，传统的臭氧发生器会产生大量有毒的氮氧化物（NOx），氮氧化物会和药粉中的某些化学成分反应，形成亚硝酸盐、硝酸盐等有害物质。所以用于药粉灭菌的臭氧发生器及气源要严肃对待，否则会产生不良后果。
